Eduunin asiakkaita voivat olla koulutuksen, tieteen ja kulttuurin kohdealueella toimivat organisaatiot tai verkostot. Organisaatio- ja verkostoasiakkaiden erona on tuki- ja hallintamalli, sekä hinnoittelu. Eduuni-palvelujen hankinnassa sovelletaan omakustannushinnoittelua ja in-house -periaatetta.
Organisaatioasiakkaana voi olla esim. organisaatio, laitos, osasto, yksikkö tms. Organisaatioasiakkaat käyttävät Eduuni-palveluja SaaS-tyyppisesti. Organisaatioasiakkaat hallinnoivat omistamiaan sivustoja (Eduuni-wiki ja Eduuni-työtilat) itse ja nimeävät tähän tehtävään Eduuni-pääkäyttäjiä organisaatiostaan. Pääkäyttäjät saavat pääkäyttäjäkoulutuksen jälkeen oikeuden luoda ja hallinnoida sivustoja vapaasti tarpeidensa mukaisesti. Pääkäyttäjillä on myös koordinointivastuu sivustojen käytöstä.
Verkostoasiakkaana voi olla esim. verkosto, hanke, projekti, työryhmä tms. Verkostoasiakas vastaa sivustojen sisällöstä, mutta Eduuni vastaa sivustojen luomisesta, auttaa tarvittavien toiminnallisuuksien rakentamisessa, sekä antaa tukea verkoston omistajille. Verkostoasiakkuuteen sisältyy siis Eduuni-pääkäyttäjäpalvelu.
